乌拉盖管理区人民检察院内设机构办公室、第一检察部、第二检察部、第三检察部、政治部，下设司法警察大队。
第一检察部：负责公益诉讼检察工作（含涉及生态环境保护和资源保护、食品药品安全等公益诉讼保护领域的刑事检察工作）。
第二检察部：负责刑事案件的审查逮捕、审查起诉、补充侦查、出庭公诉、抗诉、复议、刑事申诉和立案监督、侦查监督、审判监督等工作。负责刑事执行检察工作。
第三检察部：负责民事、行政检察工作。受理控告、举报、申诉，办理国家赔偿案件和国家司法救助案件。负责法律政策研究、检察委员会日常工作等。负责案件管理、人民监督员等工作。负责检察技术等工作。
政治部：负责思想政治工作和组织人事工作。负责机关党建和群团工作，负责队伍建设、思想建设、文化建设、教育建设、离休干部工作。负责检务督察工作。配合开展纪检监察工作。
办公室：负责机关文电、会务、机要、档案、保密等工作。协助院领导处理检察政务，组织协调院重要工作部署重大决策的贯彻实施。起草审核相关文件文稿，处理检察信息，编发内部刊物。负责人大代表联络工作和特约检察员联系工作。负责领导同志批办事项督查工作。负责协调管理新闻宣传工作。负责国有资产、物资装备管理和计划财务工作。负责信息化建设等工作。负责翻译工作。
司法警察大队：负责办案场所警戒、人员看押和看管等警务事项。